Het Allard Pierson verzamelt, beheert, ontsluit, onderzoekt en presenteert waardevol cultureel erfgoed van de oudheid tot nu.

Het museum bezit circa 17.000 originele archeologische voorwerpen uit het gebied rond de Middellandse Zee, daterend van ca 5.000 v.Chr. tot 1.000 na Chr. Het zwaartepunt van de collectie ligt bij de Amarna-periode ten tijde van farao Achnaton, de Grieks-Romeinse tijd en de Koptisch-Christelijke periode. Het textiel uit de laatste periode vormt de grootste collectie op dit gebied in Nederland. In 2021 werd een sjabti van de Nubische koning Senkamanisken verworven.
De nieuwe opstelling Van Nijl tot Amstel bevat sinds het najaar van 2020 weer de volle breedte van de Collectie Egypte.